Flex3用のeclipse3.3の一部レイアウトが崩れていたため、試しにググってみたらジャストの回答がありました。
http://wiki.sosite.jp/index.php?%A5%D7%A5%ED%A5%B0%A5%E9%A5%DF%A5%F3%A5%B0%2FEclipse#nada08f5
まさかのSetPoint。直りました。
あと私はマウスの横についているボタンにエクスプローラー起動を割り当てていますが、SetPointにはその設定がなく、SetPointでは適当なキーに割り当てて、さらにホットキーランチャーでそのキーを拾ってエクスプローラー起動というをしていましたが、このスレに書いてあるXMouseButtonControlを入れてみたらエクスプローラー起動を直接割り当てられたので、逆に調子良い次第。
