BlazeDSを利用する場合、追加コンパイラ引数でservices-config.xmlを指定する必要がありますが、このパス自体はFlexプロジェクトのデフォルトソースディレクトリが基点らしく、たとえばプロジェクト直下のsrcというフォルダがデフォルトソースフォルダ、プロジェクト直下のWebContentフォルダがドキュメントルートの場合、
-services "../WebContent/WEB-INF/flex/services-config.xml" -locale ja_JP
という相対パス指定をすれば見てくれるようです。
あと環境変数が使えるようで、ためしに
-services "${user.dir}/WebContent/WEB-INF/flex/services-config.xml" -locale ja_JPとしたところ、${user.dir}のところがデフォルトソースフォルダのパスに置き換わりました。
（なので結局 -services "${user.dir}../WebContent/WEB-INF/flex/services-config.xml" -locale ja_JP としないといけないですが）
