tldのfunction-signatureで配列宣言するには、[Ljava.lang.Object;のような記法ではなく、
<function-signature> java.lang.String hoge(java.lang.String,java.lang.Object[]) </function-signature>
という記法をするようです(Jasper)。Jasperのコードを見る限り、多重配列もOKのようです。
この宣言だと、Function側が可変引数の場合でもコンパイルすることが出来るのですが、実行時に引数の数が合わない場合(上記だと、hoge('foo1','foo2','foo3')のような呼び出し)の場合は、エラーになってしまいます。
残念。